伴随着Windows的蓬勃发展,造出了Windows Subsystem for Linux这种神器,那么,接下来,就教教大家如何更好地在Windows10下安装及使用LAMMPS。
1.启用Windows10子系统
右键开始开始菜单,选择“程序和功能”,选择“启用或关闭Windows功能”,选择“适用于Linux的Windows子系统(Beta)”,确认,重启电脑。
再次进入桌面,右键开始开始菜单,选择“命令提示符(管理员)”,输入bash,输入y,设置你的账户名和密码(在后面sudo时,需要使用此密码)。
2.安装LAMMPS
右键开始开始菜单,选择“命令提示符(管理员)”,输入bash,接下来逐个拷贝并运行:
sudo apt-get update
sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps
sudo apt-get install lammps-daily
至此,LAMMPS已经安装完成。
如将来需要更新LAMMPS,请输入:
sudo apt-get update
3.运行LAMMPS
首先,打开你的in所在文件夹,按住shift并单击右键,选择“在此处打开命令窗口(W)”,输入bash,输入:
lammps-daily < your.in
最后,回车,开始运算。
4.线程的环境变量设置
很多朋友经常会看到输出log.lammps文本内最上方有这么一行字:
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (../comm.cpp:90)
这里简单地给出一个方法来设置线程 (OMP_NUM_THREADS):
首先,按住shift并单击右键,选择“在此处打开命令窗口(W)”,输入bash;
其次,输入:
sudo nano ~/.bashrc
然后,进入此文档后,再使用键盘向下按键至页面尾部,回车一行输入:
export OMP_NUM_THREADS=4
完成文档编辑之后,按Ctrl+x退出,按y保存,回车;
最后,进入命令窗口,查看设置是否正确,输入:
echo $OMP_NUM_THREADS
如输出4,说明环境变量设置成功。
5.LAMMPS的安装位置、说明文件位置及示例算例位置
lammps-daily,执行文件位置:
/usr/bin
doc,说明文件位置:
/usr/share/doc/lammps-daily-doc/doc
examples,示例算例文件位置:
/usr/share/doc/lammps-daily-doc/examples
#.后话
学习初期,用Windows10跑算例,一个算例一个bin,然后双击lmp_serial.exe进去,输入:
jump your.in
比较麻烦也比较苦恼。
学习中期,如写批处理命令(.bat),然后运行,实现了不用重复拷贝bin。
新建.txt文件,包含以下内容:
cd C:\LAMMPS\bin #Windows下安装地址
lmp_serial.exe <.././Compression\100\100_300K_COM\COM_100_300K.in #.in文件地址
cmd #保留窗口
注:#是注释的意思
再将.txt后缀改成.bat,右键.bat,选择以“管理员身份运行”。
现在这个方法,相比于前面两个方法更好,个人觉得此方法一劳永逸。
个人Linux水平有限,所以有很多问题还没有解决,希望解决的问题如下:
A.fftw安装,MPI安装;(这样安装的是预编译版本,即包含FFTW3和OpenMPI,此项完成)
B.OMP_NUM_THREADS环境变量设置。